最早的儒家经典仅六部，即《诗》、《书》、《礼》、《乐》、《易》、《春秋》，即六经，相传为孔子所删定。后《乐经》亡佚。唐代增《周礼》、《仪礼》、《公羊》、《穀梁》、《孝经》、《论语》、《尔雅》为经，是为十二经。宋代又以《孟子》入经，合称十三经。

　　古代典籍传至后世，其当时的文意、典制、名物等，往往有为后人所不解者，再加上典籍传播过程中产生的异文或论误，给阅读理解这些典籍带来困难。而统治阶级也需要利用经书来维护自己的统治，故要求对经书内容作出符合自己意愿的解释。历代为经书作注释者不乏其人，为后人阅读经书提供了很大的帮助。但随着时间的推移，早先所作的注释也越来越难读懂了，于是又有人为经书和前人的注释再作解释，此即为疏或正义。

　　《十三经注疏》所收书目为：《周易正义》十卷，魏王弼、晋韩康伯注，唐孔颖达正义；《尚书正义》二十卷，汉孔安国传，唐孔颖达正义；《毛诗正义》七十卷，汉毛亨传、郑玄笺，唐孔颖达正义；《周礼注疏》四十二卷，汉郑率注，唐贾公彦疏；《仪礼注疏》五十卷，汉郑玄注，唐贾公彦疏；《礼记正义》六十三卷，汉郑玄注，唐孔颖达正义；《春秋左传正义》六十卷，晋杜预集解，唐孔颖达正义；《春秋公羊传注疏》二十八卷，汉何休注，唐徐彦疏；《春秋穀梁传注疏》二十卷，晋范宁集解，唐杨士勋疏；《论语注疏》二十卷，魏何晏集解，宋邢昺疏；《孝经注疏》九卷，唐李隆基注，宋邢昺疏；《尔雅注疏》十卷，晋郭璞注，宋邢吴疏；《孟子注疏》十四卷，汉赵岐注，宋孙奭疏。

　　《十三经注疏》一书是经过历代积累而逐渐形成的。这不仅因为儒家经典本身即由六部增至十三部，而且在南宋之前，经与疏是分开印行的。南宋以后，印刷业发达，刻版渐盛，开始出现经与疏的合刻本。宋有十行本，明有闽本、监本和汲古阁毛氏本，清有乾隆年间所刻的武英殿本。

　　现传《十三经注疏》本于清阮元刻本。阮元是嘉庆、道光年间的重要官员和著名学者，喜罗致学者编校刻印图书。嘉庆二十年(1815)，在其任官江西期间，将其广搜而得的宋十行本与其他单疏版本互相补充，予以重刻，并于次年秋竣事。阮氏刻本所据均为宋本，在刊刻过程中，从不轻易改字，即或发现宋本之误，也仅于误字之旁加圈，而另出校勘记以作说明，被称作善本。

　　民国年间，原世界书局将阮刻《十三经注疏》缩印为两册。1980年，中华书局在对缩印本进行全面的校正之后，据以重印。

《十三经注疏》卷帙浩繁，查阅不便。叶绍钧曾编《十三经索引》，由开明书店于1934年印行。索引将十三经中的所有句子按首字笔划排列，后列该句所在之经名和篇名。1957年、1959年中华书局两次重印。

　　其后，中华书局又对索引进行修订，加注每句在《十三经注疏》中的页码和栏次，并新增“四角号码检字”，检用方便。